里程碑
離上次寫blog又是四個月（這好像變成我寫blog文的固定開場白…），自從八月底回台灣任教職之後，生活就完全被工作佔滿，過去四個月大概是我這輩子最忙的日子….
從一回到台灣開始忙著搬家買車買生活用品等等，到正式開始工作之後忙著填寫一堆文件表格，備課教課，寫grant寫paper，買儀器設立實驗室，其中還出國一個星期參加會議。不過這所有事情的最高潮大概就是設立自己的computer cluster。由於經費也不是那麼充足，一開始本想買最便宜的dell server，後來半路殺出個IBM，願意用同樣的價錢賣給我較高等級的server。我對IBM的印象比dell好的多，所以當然是求之不得。結果….幾乎變成一場惡夢。Sever送來之後又是缺cpu缺ram，等了近一個月這些零件才到齊。還有就是連光碟機也沒有，這要我怎麼灌作業系統？又是等了一陣才等到光碟機。結果光碟機到貨之後居然無法用DVD開機，一直到我們（應該說我實驗室的學生）很任命的每台用四片cd-rom一一灌好作業系統(suse linux)之後才知道光碟機的問題是主機板bios沒有更新。更扯的是後來發現其中一台server的USB port有問題拿回去換主機板。就在我正要打電話到IBM台灣總公司complain時IBM的業代來我辦公室解釋為什麼會發生這些供貨上的問題，這才稍解我心中的不滿。
硬體好不容易架設完成後，接下來的軟體才是重頭戲。硬體部份廠商幫忙安裝與解決問題，但是軟體部份包含作業系統就要全部自己來解決。IBM server附的是suse linux，作業系統的安裝到還容易，光碟一張一張的換就是了。但是接下來的cluster設定就真的是要一步一步摸索。雖然我用linux這麼多年，但是都是當desktop用，頂多作點簡單的system admin，架個LAMP(linux+apach+mysql+php)系統以及玩玩架構在LAMP上的應用軟體罷了。這次要重頭全新安裝一個cluster系統，在沒有任何人可以協助的情況下，只好自己硬著頭皮來。
首先網路環境就搞了好一陣子。Head node的兩張網卡一張接internet，另一張接switch然後與所有compute nodes連接形成一個intranet。花了不少時間把這兩張網卡設好再加上DHCP server，讓intranet上的nodes也可以連上internet。接下來設NIS server與NSF server，讓所有nodes都擁有同樣的使用者與/home。再來就是架設job queuing system。以前postdoc的實驗室用的是Open PBS，那時候cluster到貨之後是IT center的人幫我裝PBS的，現在自己要裝才發現安裝步驟真是有點小複雜。第一步compile source codes就發生錯誤訊息，每解決一個問題，下一步就又出現新的錯誤訊息。耗了兩天之後不得不放棄，上網尋找其他的queuing system。看了半天都沒有滿意的，最後只好試試torque，這是根基於pbs的open source版本的queuing system。本來不抱太大希望，畢竟torque與pbs相似度太高，很多地方連檔案都還帶有pbs的檔名，不過沒想到configure, make, make install就一路很順利的裝好了。當然queuing system的完整安奘步驟遠多於這個，像是head node有server, scheduler, compute nodes有client，彼此間的hostname都要設清楚，rsh/ssh也要設好讓head node與compute nodes可以不用密碼來連接等等。大概總共又花了兩天，torque總算給我裝好了。
就這樣前前後後一共花了大約十天，平均每天花三四個小時，昨天晚上我首次把兩千個jobs送到cluster，看著這些job一個一個被送到不同的nodes執行，每個nodes逐漸滿載，大家都乖乖的工作時，那種感動真是難以形容。這天算是我的實驗室的里程碑吧？終於有個屬於自己的cluster，要愛算什麼東西就算什麼，不用再依靠別人的server。